在饮料，果汁等过程中，臭氧水可用于管路、设备及盛装容器的浸泡和冲洗，从而达到消毒灭菌的目的。采用这种浸泡、冲洗的操作方法，一是管路、设备及盛装容器表面上的细菌、病毒大量被冲淋掉；二是残留在表面上的未被冲走的细菌、病毒被臭氧杀死，非常简单省事，而且在中不会产生死角，还完全避免了中使用化学消毒剂带来的化学毒害物质排放及残留等问题。另外，利用臭氧水对设备的消毒灭菌技术结合膜分离工艺、无菌灌装系统等，在酿造工业中用于酱油、醋及酒类的，可提高产品的质量和档次。

在食品厂，臭氧气体用于食品加工间、贮藏室与加工设备消毒是非常方便、有效的。传统的消毒方法是用甲醛等化学试剂熏蒸，众所周知，甲醛熏蒸的弊病较多，国外近期研究证明，在控制空气微生物方面，臭氧是甲醛和其他化学熏剂的替代物。通过化学雾化、紫外线与臭氧作消毒剂的对照试验，结论是臭氧既有效又无残留，臭氧“大大抑制”了加工设备大肠杆菌群小球菌和酵母菌的生长。

    其方法是：（1）将臭氧发生器直接放在空调净化系统的风道中称为内置臭氧发生器。臭氧随着风道的气流，送入各洁净区，对洁净区进行消毒灭菌，剩余臭氧吸入回风口，由中央空调带走。（2）可以将臭氧发生器放在中央空调风口的外面，将臭氧打入中央空调的风道中，然后被送入各洁净区，或采用台式自带风机臭氧发生器，多点设计将臭氧散布在洁净区内，统称为外置式臭氧发生器。外置式臭氧发生器安装检修方便，但制造成本要高一点。（3）采用臭氧发生器连接导气管和曝气系统，在车间顶部布设曝气管网，将臭氧送入洁净区。几种方法消毒效果都是一样的。从使用臭氧进行灭菌的食品厂的检测报告可看到，菌检全部合格，完全替代了令人头痛的甲醛熏蒸大消毒。同时，使非常作业减少，能耗减少，取得了满意的效果。